docs: reorganize into design, security, api, ops and dev; drop stale designs; refresh the diagrams [CI]

- Group docs by category with an index (docs/README.md); fix every link,
  code comment and the protocol conformance test that read docs/protocol.md.
- access.md and security.md rewritten to what is implemented: removed the
  unadopted member-proof chain, roles and recovery key that do not exist,
  the old implementation order and the budgets; gaps now carry a status.
- enrollment, deployment, api: the install flow is the static, hash-checked
  script with environment variables; no default admin.
- README and architecture: new topology and update-flow diagrams (operator
  passkey, CI signing, registry feed, auth and trust modules).

backend/agent/README.md

@@ -29,7 +29,7 @@ dotnet publish agent/src/MoShiro.Agent -c Release -r <RID> -p:PublishAot=true
 dotnet publish fleet/tools/fleet-enroll -c Release -r <RID> -p:PublishAot=true
 ```
 
-也可在仓库根目录运行 `bash scripts/publish.sh agent <RID>` 和 `bash scripts/publish.sh fleet-enroll <RID>`。部署包和平台说明见 [`../../docs/deployment.md`](../../docs/deployment.md)。
+也可在仓库根目录运行 `bash scripts/publish.sh agent <RID>` 和 `bash scripts/publish.sh fleet-enroll <RID>`。部署包和平台说明见 [`../../docs/ops/deployment.md`](../../docs/ops/deployment.md)。
 
 ## 注册与运行
 
@@ -47,7 +47,7 @@ fleet-enroll --server https://<backend> --join <token> --name <agent-name> --ide
 moshiro-agent --config /etc/moshiro/agent.json
 ```
 
-容器节点的运行方式（podman + systemd）和宿主机更新器见 [`../../docs/deployment.md`](../../docs/deployment.md)。也可使用 OCI 镜像 `registry.oeo.one/moshiro/moshiro-agent:<version>`，自动选择 Linux amd64 或 arm64 镜像。镜像同时包含 `fleet-enroll`；可通过 `--entrypoint /usr/local/bin/fleet-enroll` 执行首次注册。容器默认读取命名 volume 中的 `/etc/moshiro/agent.json` 与身份文件；建议使用宿主网络，Linux ICMP 优先使用普通用户 ping socket，内核 ping_group_range 需允许映射后的 GID。镜像以 UID/GID 1654 运行，新命名 volume 由引擎按镜像目录初始化权限。
+容器节点的运行方式（podman + systemd）和宿主机更新器见 [`../../docs/ops/deployment.md`](../../docs/ops/deployment.md)。也可使用 OCI 镜像 `registry.oeo.one/moshiro/moshiro-agent:<version>`，自动选择 Linux amd64 或 arm64 镜像。镜像同时包含 `fleet-enroll`；可通过 `--entrypoint /usr/local/bin/fleet-enroll` 执行首次注册。容器默认读取命名 volume 中的 `/etc/moshiro/agent.json` 与身份文件；建议使用宿主网络，Linux ICMP 优先使用普通用户 ping socket，内核 ping_group_range 需允许映射后的 GID。镜像以 UID/GID 1654 运行，新命名 volume 由引擎按镜像目录初始化权限。
 
 不传 `--config` 时默认读取 `/etc/moshiro/agent.json`。Agent 默认监听控制端口 `7443/tcp`，数据端口 `7443/udp` 和 `7444/tcp`；防火墙和面板中的节点端口配置需与本地配置一致。`reporting.host_stats` 可关闭主机状态上报；启用时只上报资源使用等汇总数据，不包含主机名、进程或 IP。
 
@@ -58,6 +58,6 @@ IPv6 线路需要 Agent 实际绑定 IPv6。新配置的默认 `listen.bind` 为
 - 每个 Probe 使用独立的 TLS 会话和数据密钥；Probe 断开时对应的会话资源会释放。
 - 数据面会校验会话认证、重放窗口和速率限制；无效数据包会静默丢弃。
 - 测量引擎和协议由 `backend/shared/` 提供；节点身份、注册和连接由 `backend/fleet/` 提供。
-- 详细安全边界与拓扑见 [`../../docs/architecture.md`](../../docs/architecture.md)，协议说明见 [`../../docs/protocol.md`](../../docs/protocol.md)，部署见 [`../../docs/deployment.md`](../../docs/deployment.md)。
+- 详细安全边界与拓扑见 [`../../docs/design/architecture.md`](../../docs/design/architecture.md)，协议说明见 [`../../docs/design/protocol.md`](../../docs/design/protocol.md)，部署见 [`../../docs/ops/deployment.md`](../../docs/ops/deployment.md)。
 
 Docker 与 rootless/rootful Podman 共用 `packaging/compose/agent/compose.yaml`，配置、身份和缓存放在命名 volume 中，无需宿主配置目录、keep-id 或手动 chown。首次导入和自动更新见部署文档。