docs: reorganize into design, security, api, ops and dev; drop stale designs; refresh the diagrams [CI]

- Group docs by category with an index (docs/README.md); fix every link,
  code comment and the protocol conformance test that read docs/protocol.md.
- access.md and security.md rewritten to what is implemented: removed the
  unadopted member-proof chain, roles and recovery key that do not exist,
  the old implementation order and the budgets; gaps now carry a status.
- enrollment, deployment, api: the install flow is the static, hash-checked
  script with environment variables; no default admin.
- README and architecture: new topology and update-flow diagrams (operator
  passkey, CI signing, registry feed, auth and trust modules).

TODO.md

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 ## 任务与面板
 
 - 单个 Agent 的任务（目前是线路模板加按 Agent 的覆盖，没有只属于某一个 Agent 的独立任务）
-- 原生 webhook 投递；告警（基于 webhook）。实现之前先定约束（只允许 HTTPS、禁止私网和回环、不跟随重定向、限制超时和响应大小、解析后再检查地址），见 [`docs/security.md`](docs/security.md) 第 9.2 节
+- 原生 webhook 投递；告警（基于 webhook）。实现之前先定约束（只允许 HTTPS、禁止私网和回环、不跟随重定向、限制超时和响应大小、解析后再检查地址），见 [`docs/security/security.md`](docs/security/security.md) 第 9.2 节
 
 ## 部署
 
 - 后端自动下载前端资源：用 Podman、Docker 部署时，默认拉取最新的前端资源（现在前端要自己构建，镜像里没有）。
-[security.md](docs/security.md)
+[security.md](docs/security/security.md)
 ## 访客页面
 
 - 人机验证：访客页面要通过验证才能拉数据，前端访问时静默触发。候选 tiago2/cap 和 Cloudflare Turnstile。
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   - 流程：下载 → 校验 → 解包到 `versions/<v>/` → 原子切换 `current`（Linux 符号链接，Windows 目录联结）→ 重启服务 → 等健康信标确认 → 失败切回旧版本并把该版本标记为坏版本。
   - 权限分离：更新进程只能写安装目录和重启被管理的服务，读不到节点身份私钥。
   - OpenWrt：`keep_versions = 1`，下载前检查闪存剩余空间。
-  - 容器节点已经实现的那一套（清单签名、`seq` 防重放、按 digest 拉取、回滚）见 [`docs/deployment.md`](docs/deployment.md)。
+  - 容器节点已经实现的那一套（清单签名、`seq` 防重放、按 digest 拉取、回滚）见 [`docs/ops/deployment.md`](docs/ops/deployment.md)。
 
 ## 安全
 
-- **零信任**：设计稿在 [`docs/security.md`](docs/security.md)，按其中第 12 节的顺序实现（阶段零「协议方向声明表」已完成）：Probe 自己生成密钥、Agent 预握手敲门、操作员凭证和名册、测量数据的签名和归属校验、入库配额和管理端 CSP、Backend 应用层身份、extension 框架（敏感能力都放进可选安装的独立 extension，核心保持 NativeAOT）；可选的 UDP 单包授权、UDP 会话迁移的路径验证。
+- **零信任**：设计和各缺口的状态在 [`docs/security/security.md`](docs/security/security.md)。已完成：协议方向声明表、Probe 自己生成密钥、Agent 预握手敲门、操作员集合与创世固定、服务器身份和安全链路、属主固定。还没做：测量数据的产生者签名和归属校验、入库配额、Probe 只拨公网地址、管理端 CSP 之外的输入校验、extension 框架（敏感能力都放进可选安装的独立 extension，核心保持 NativeAOT）、吊销表；可选的 UDP 单包授权、UDP 会话迁移的路径验证。
 - **extension**（Web SSH、TTY、更新遥测，敏感 operator）：设计时必须保住「节点是纯采集器」这条边界，见 [`README.md`](README.md) 的项目边界。
 - 对 UDP 包、控制帧、RawChunk、JSON-RPC 做模糊测试；伪造签名和重放的专项测试。